Fostul fundaș și-a început cariera de antrenor în urmă cu opt ani, la FC Săcele. A mai trecut pe la clubul său de suflet, FC Brașov, dar și pe la Sportul Studențesc și ASA Târgu Mureș.
Până să o preia pe Astra, în aprilie 2013, Isăilă nu reușise vreo performanță notabilă, iar când patronul Ioan Niculae l-a demis, în martie 2014, se părea că Daniel a mai înregistrat un eșec în carieră.
În urmă cu două săptămâni, Isăilă a revenit la comanda echipei, înlocuindu-l pe Florin Marin, omul care calificase echipa în finală, iar aseară a reușit o mare surpriză: Astra a învins Steaua și a cucerit Cupei României, cu scorul de 4-2, după executarea loviturilor de departajare.