Stăncioiu a luat decizia să pună punct carierei de fotbalist după ce FCSB a decis să nu-i mai prelungească înțelegerea scadentă pe 30 iunie 2018.
Fostul portar are o relație foarte bună cu Adrian Mutu. Eduard Stăncioiu și soția lui, Beatrice, sunt nașii de botez ai fiului lui Adrian Mutu și al Sandrei.
Stăncioiu a jucat la Sportul Studențesc (1998-2006), la CFR Cluj (2006-2014), la ASA Tg. Mureș (2014-2016) și la FCSB (2016-2018).
Fostul goalkeeper a jucat cu CFR Cluj în Liga Campionilor, iar la echipa naţională are o selecție într-un amical cu Muntenegru. Eduard Stăncioiu a făcut parte din lotul României prezent la Euro 2008, ca al treilea portar după Bogdan Lobonţ și Marius Popa. Victor Piţurcă, selecţionerul de pe atunci al naţionalei, l-a convocat în locul lui Dani Coman, accidentat cu câteva zile înaintea turneului final din Austria și Elveția.