În prima etapă a sezonului 2015/2016, Carneiro l-a enervat pe fostul antrenor al clubului, Jose Mourinho, cu care are un proces în civil, pentru că a intrat pe teren în timpul meciului cu Swansea (2-2), fără permisiunea portughezului, pentru a-i acorda îngrijiri medicale lui Eden Hazard.
Tehnicianul portughez a numit-o pe doctoriţa în vârstă de 42 de ani „naivă şi impulsivă”, pentru că, din cauza faptului că i-a acordat îngrijiri medicale lui Hazard a lăsat-o pe Chelsea, temporar, în doar nouă jucători de câmp, după ce portarul Thibaut Courtois fusese deja eliminat.
De atunci, Eva Carneiro nu a mai făcut parte din staff-ul primei echipe a londonezilor, iar cele două părţi şi-au separat drumurile în luna septembrie a anului 2015. După acest incident, fostul medic de la Chelsea a intentat un proces în care acuza clubul de discriminare, Carneiro se judecă şi cu Mourinho, în civil.