El a fost unul dintre cei mai buni jucători ai elenilor în dubla contra României, din barajul pentru Campionatul Mondial de Fotbal. Karagounis a câștigat, alături de naționala Greciei, Campionatul European din 2004 și a evoluat la alte trei turnee finale europene și la două Campionate Mondiale.
„A fost ultimul meu meci pentru națională. Mă retrag dezamăgit, aș fi vrut să mai am încă o săptămână, dar din păcate acest lucru nu mai este cu putință”, a declarat Giorgos Karagounis, la sfârșitul meciului pierdut de Grecia în fața naționalei din Costa Rica, în optimile CM 2014.
Reprezentativa de fotbal a României va întâlni naționala Greciei, în preliminariile Campionatului European din 2016.