În 2004, el a fost găsit mort, într-o cameră de hotel, la vârsta de 34 de ani, din cauza unei supradoze de cocaină. El a intrat în istoria ciclismului după ce a câştigat, în 1998, atât Turul Franţei cât şi Turul Italiei. Problemele sale au început în 1999, odată cu depistarea consumului de cocaină.
Pe 14 februarie, italianul a fost găsit, fără suflare, într-o cameră de hotel. Opinia publică a spus că rutierul s-ar fi sinucis.
Justiţia italiană a redeschis ancheta legată de decesul lui Pantani. Ziariştii din Peninsulă merg pe varianta unei crime. „Marco Pantani ar fi fost lovit şi obligat să bea cocaină, amestecată cu apă”, scrie Gazetta dello Sport.
„Singurătatea pe care o căuta pedalând cu atâta bucurie a fost o ultimă şi dificilă parteneră. Dar dacă a fost cineva care l-a împins să facă acest ultim pas, atunci trebuie să se ştie” scrie şi La Repubblica.