În 2012, fundașul a luat decizia de a nu mai răspunde la convocări, după ce s-a certat cu Victor Pițurcă. Fostul selecționer l-a acuzat pe jucător că n-ar fi vrut să participe la turneul de pregătire din Elveția și Austria. La trei ani distanță, jucătorul Rapidului a declarat că va răspunde afirmativ la eventualele convocări din mandatul lui Anghel Iordănescu.
„Eu nu regret nici o secundă că m-am întors în ţară. Mai ales că am făcut-o la Rapid. Îmi doresc să joc cît mai bine la echipa mea şi dacă o voi face bine atunci sper să intru şi în atenţia selecţionerului Anghel Iordănescu. E normal să mă intereseze echipa naţională”, a declarat Cristi Săpunaru.