Nicolae (50 de ani), soția sa Alexandra (46 de ani), băiatul lor, prințul Alexei (14 ani) și fetele lor, marile ducese Olga (23 de ani), Tatiana (21 de ani), Maria (19 ani), Anastasia (17 ani) au fost împușcați în subsolul Casei Ipatiev de un pluton condus de Iacov Iurovski și compus din soldați maghiari, căci bolșevicii se temeau că ostașii ruși nu vor trage în fostul lor suveran.
Încercând să ascundă urmele odioasei crime, Iurovski a aruncat mai întâi cadavrele într-un puț părăsit de mină, apoi le-a scos de acolo și le-a îngropat la marginea unei păduri de lângă Ekaterinburg, nu înainte de a turna acid sulfuric peste ele, pentru a nu fi identificate.
În 1998, rămășițele pământești ale familei ultimului împărat al Rusiei au fost depuse în cripta familei Romanov din Catedrala Sfinților Petru și Pavel, din Sankt Petersburg, ca un gest de reparație morală și de recunoaștere a respectului poporului rus. Pe 4 august 2000, Nicolae și familia sa au fost canonizați drept sfinți de Biserica Ortodoxă Rusă.