Locul a fost descoperit în 1850, după ce o furtună violentă a scos la suprafaţă ruinele. Aici a fost odată o mică aşezare agricolă, situl datând de la aproximativ 3180 i.Hr.-2500 i.Hr.
Excavaţiile ulterioare, precum şi alte furtuni au arătat că satul avea cel puţin opt căsuţe de piatră, echipate cu paturi şi vetre. Din cauza proceselor de eroziune, locul a fost adus mai aproape de mare, până când a fost abadnonat.
Cu o vechime mai mare decât Stonehenge sau decât Marile Piramide, Skara Brae a fost numit “Cetatea Pompeii a Scoţiei”, datorită modului excelent în care a fost conservat.