Gligorov a devenit preşedinte în ianuarie 1991, atunci când Macedonia era încă o republică iugoslavă şi a stat în fruntea ţării timp de două mandate, până în 1999 . El şi-a condus conaţionalii către un referendum, la care macedonenii au votat pentru independenţa teritoriului de 2,1 milioane de locuitori, evitând astfel conflictul sângeros care a destrămat fosta Iugoslavie în anii 1990.
Kiro Gligorov a supravieţuit unei tentative de asasinat în octombrie 1995. El a suferit însă răni la cap şi şi-a pierdut un ochi, rămânând cu o cicatrice adâncă pe tot parcursul vieţii deasupra ochiului drept. Autorii acestei tentative de asasinat nu au fost arestaţi nici până în prezent, iar ancheta a făcut mici progrese în anii ce au urmat atacului.