Dmitri Pavlucenkov, un fost poliţist suspectat că ar fi fost creierul asasinatului, a făcut recent o serie de dezvăluiri, potrivit La repubblica. Acesta a arătat cu degetul spre Boris Berezovski un oligarh rus, apropiat al fostului preeşdinte rus, Boris Elţîn şi duşman al lui Putin, care s-a refugiat la Londra, unde trăieşte la ora actuală, beneficiind de azil politic. Acesta ar fi comandat crima pentru a-l discredita pe Putin, dar şi pentru a se răzbuna pe actualul premier rus, după ce a fost condamnat la 13 ani de închisoare în Rusia, pentru delapidare de fonduri.
Pavlucenkov a oferit detalii cu privire la o reuniune ce a avut loc în Ucraina, între Berezovski şi un al inculpat în acest dosar, Lom-Ali Gaitukaev. Cei trei ar fi pus la cale un plan diabolic prin care să o ucidă pe jurnalista celebră pentru criticile aduse regimului lui Putin, chiar pe 7 octombrie, ziua de naştere a liderului rus. Cum faptul că Politkovskaja căzuse în dizgraţie la Kremlin nu mai era un mister pentru nimeni, Berezovski s-a gândit astfel că va lovi în Putin, folosindu-se de un jurnalist vinovat pentru îndrăzneala de a-şi exprima liber opiniile, mai lasă să se înţeleagă Pavlucenkov.
Complotul a fost dus la bun sfârşit la 7 octombrie 2006 şi, într-adevăr bănuielile majorităţii au indicat un singur suspect moral: Vladimir Putin. Anna Politkovskaja îl menţionează des şi în jurnalul ei, publicat post-mortem de foşti colegi, pentru abuzurile regimului său, dar şi pentru faptul că ar fi elaborat o listă neagră a jurnaliştilor incomozi, din care făcea şi ea parte. Mai mult, ziarista şi-a exprimat de nenumărate ori în jurnal, temerile că ar putea sfârşi ucisă.