Oamenii de ştiinţă au comparat grosimea cortexului (materia cenuşie) la persoanele adepte ale meditaţiei zen, dar şi la unele care nu practică acest tip de meditaţie, şi au descoperit că această disciplină seculară are capacitatea de a stimula zona centrală din creier care regularizează durerea.
Cercetătorii atribuie diminuarea durerii unei respiraţii mai lente, de 12 respiraţii pe minut, la adepţii meditaţiei zen, comparativ cu 15 respiraţii pe minut pentru voluntarii din celălalt grup. Cercetătorii canadieni au constatat o scădere, în medie, cu 18% a intensităţii durerii la adepţii meditaţiei zen.