Mandela s-a căsătorit a doua oară în 1958 cu Winnie. Împreună au avut două fete: Zenani şi Zindzi.
După divorţul de Winnie (din 1996), s-a căsătorit cu Graca Machel, în 1998, cu ocazia celei de-a 80-a aniversări. Machel este văduva fostului preşedinte al Mozambicului, Samora Machel.
Mandela are 17 nepoţi şi 14 strănepoţi
Nepotul din mijlocul ultimelor dispute pe averea liderului sud-african, Mandla, este fiul băiatului din prima căsătorie a lui Mandela, Magkatho. În timp ce bunicul lui se afla pe patul de spital, zbătându-se între viaţă şi moarte, el s-a aflat în centrul unui imens scandal, după ce a deshumat în mod ilegat trupurile a trei dintre copiii bunicului său, laureat al Premiul Nobel pentru Pace.
Rămăşiţele la care se referă sunt corpurile a trei copii ai lui Mandela – Makaziwe, moartă în 1948 la vârsta de nouă ani, Thembekile, mort în 1969 la vârsta de 24 de ani şi Magkatho, decedat în 2005 la vârsta de 55 de ani -, care erau înmormântaţi la Qunu, satul în care şi-a petrecut copilăria liderul, dar pe care nepotul său Mandla le-a mutat la Mvezo, satul natal al bunicului său, în 2011.
Mandla, în vârstă de 38 de ani, este şeful familiei şi lider tradiţional la Mvezo, începând din 2007. El este totodată deputat Congresului Naţional African (ANC), partidul aflat la putere.
Şaisprezece membri ai familiei l-au dat pe Mandla în judecată vineri. Potrivit presei locale, ei cer aducerea înapoi a celor trei coşciuge la Qunu, unde sunt înmormântaţi părinţii lui Mandela şi unde doreşte să fie înmormântat şi fostul preşedinte sud-african.