În 1992, Ryad-ul, îngrijorat de criticile sale şi de sprijinul său pentru opoziţie, i-a retras paşaportul. Liderul organizaţiei teroriste al-Qaeda s-a mutat în Sudan, cu acceptul autorităţilor de la Khartoum. Serviciile secrete americane l-au suspectat că finanţează tabere de instruire a teroriştilor şi, în 1994 îi este retrasă cetăţenia saudită.
În 1996, sub presiune internaţională, Sudanul i-a ceruă plece. Bin Laden a reapărut cu adepţii săi în Afganistan, de unde lansează noi apeluri anti-SUA, mai multe şi mai radicale, chiar înainte ca talibanii să preia puterea în Kabul. Bin Laden organizează taberele de formare a teroriştilor care atrag mii de oameni din lumea musulmană şi planifică o serie de atacuri mortale care îl transformă în inamicul public numarul 1 al Statelor Unite.
Cele mai spectaculoase atacuri ale sale, înainte de 11 septembrie 2001, au avut loc în august 1998, când maşini capcană lovesc simultan ambasadele americane din Tanzania şi Kenya, unde 224 persoane au fost ucise. După prabuşirea World Trade Center, SUA au lansat o vastă operaţiune pentru capturareaconducătorului al-Qaeda oferind 25 milioane dolari, apoi 50 de milioane, pentru informaţii care duceau la capturarea acestuia.
Bin Laden, care a reuşit sa scape la sfârşitul anului 2001 după intervenţia trupelor americane în Afganistan, a fost recunoscut ultima oară de martori în noiembrie 2001, la Kandahar, în sudul Afganistanului.