Însă nu toţi germanii l-au întâmpinat pe Suveranul Pontif cu „ramuri de măslin”. Papa Benedict al XVI-lea a fost aşteptat cu proteste organizate în toate punctele unde Papa are programate opriri în călătoria de patru zile. Ba mai mult, unii parlamentari ai opoziției anunţaseră deja intenţia de a boicota discursul Papei, iar studenții și homosexualii au anunțat că vor demonstra în oraşele Berlin și Efurt.
Potrivit unor surse apropiate celor care au organizat vizita papală, Suveranul Pontif a declarat că este conștient că va fi aşteptat cu proteste, însă a ales să se concentreze pe cei 260.000 de oameni care sunt așteptați la slujbele organizate la stadionul olimpic din Berlin și în aer liber, la Freiburg.