Allen a admis că s-a îndrăgostit de Soon-Yi chiar dacă față de aceasta avea și sentimente paterne. Fosta soție a regizorului, Mia Farrow, a ales să divorțeze în 1992, după ce a aflat că soțul său întreținea relații sexuale cu fata lor adoptată, atunci în vârstă de 21 de ani.
Deși Woody a crezut că aventura sa cu Soon-Yi va fi doar ceva trecător, în cele din urmă, în 1997, cei doi s-au căsătorit în ciuda diferenței de vârstă de 35 de ani și a circumstanțelor începerii relației.
Mai mult decât atât, regizorul consideră că diferența de vârstă a fost un avantaj, acesta continuând să nutrească sentimente paterne față de soția sa mai tânără, lucru care a ajutat foarte mult relația lor: „…am fost fericit să-i ofer nenumărate ocazii de a lua decizii și am lăsat-o să se ocupe de atât de multe lucruri. Ea a înflorit.”
De-a lungul timpului, câștigătorul a patru premii Oscar s-a confruntat de nenumărate ori cu acuzații de abuz sexual, inclusiv din partea celeilalte fiice adoptate, Dylan Farrow, care a pretins că ar fi fost molestată în casa mamei sale, Mia, pe vremea când avea doar șapte ani.
Deși a fost pus sub cercetare, Allen nu a fost niciodată condamnat pentru așa zisele abuzuri.